Die Dauerausstellung thematisiert auf rund 900 m² Fläche die wechselvolle Geschichte der Stadt Rapperswil-Jona. Sie bietet informative und unterhaltende Einblicke in die Lebenswelt der Menschen vom Mittelalter bis in die Gegenwart. Die Ausstellungsgestaltung durch das Büro raumprodukt aus Zürich in Verbindung mit den historischen Räumen und dem Neubau macht den Museumsbesuch zu einem ästhetischen Erlebnis.

Im Eingangsfoyer erwartet die Besucher und Besucherinnen ein grosses, detailgetreues Modell, das die Stadt um 1780 zeigt. Im Vergleich zum heutigen Stadtplan, der grossflächig den Boden überzieht, wird der städtebauliche Wandel der letzten Jahrhunderte nachvollziehbar.

Im Neubau «Janus» kann die Stadtgeschichte chronologisch von unten nach oben «erstiegen» werden. Jede Etage bietet Zugang zu den beiden Altbauten Brenyhaus und Turm, wo im historischen Ambiente thematische Schwerpunkte präsentiert werden. Äusserst kostbare, aber auch ganz alltägliche Objekte lassen vergangene Epochen auferstehen. Goldschmiedekunst, Industrieprodukte und historisch eingerichtete Wohnräume, Kriegsgeschichten, Handwerk, Tourismus und Circus Knie – die Vielfalt der Ausstellungsobjekte und -themen ist gross.

Film- und Audiostationen unterhalten und schaffen Bezüge zur Gegenwart. Verschiedene interaktive Elemente animieren Erwachsene und Kinder zum Mitmachen. Und immer wieder eröffnen sich durch die zahlreichen Fenster prächtige Ausblicke auf die Stadt und den Zürichsee.